prof. Ing. Petr Kolenko Ph.D.

Substrate preference, RNA binding and active site versatility of Stenotrophomonas maltophilia nuclease SmNuc1, explained by a structural study

Rok vydání
2025
Vydání
The FEBS Journal. 2025, 292(1), 129-152. ISSN 1742-4658.
Autoři
Adámková, K. Trundová, M. Kovaľ, T. Husťáková, B. Kolenko, P. Dušková, J. Skálová, T. Dohnálek, J.
DOI
https://doi.org/10.1111/febs.17265

Diffraction anisotropy and paired refinement: crystal structure of H33, a protein binder to interleukin 10

Rok vydání
2023
Vydání
Journal of Applied Crystallography. 2023, 56(4), 1261-1266. ISSN 1600-5767.
Autoři
Kolenko, P. Mikulecký, P. Pham, P.N. Malý, M.
DOI
https://doi.org/10.1107/S160057672300479X

Cost-Effective Protein Production in CHO Cells Following Polyethylenimine-Mediated Gene Delivery Showcased by the Production and Crystallization of Antibody Fabs

Rok vydání
2023
Vydání
Antibodies. 2023, 12 1-13. ISSN 2073-4468.
Autoři
Meskova, K. Martonova, K. Hrasnova, P. Sinska, K. Skrabanova, M. Fialova, L. Njemoga, S. Cehlar, O. Parmar, O. Kolenko, P. Pevala, V. Skrabana, R.
DOI
https://doi.org/10.3390/antib12030051

The CCP4 suite: integrative software for macromolecular crystallography

Rok vydání
2023
Vydání
Acta Crystallographica Section D: Structural Biology. 2023, 79(6), 449-461. ISSN 2059-7983.
Autoři
Agirre, J. Atanasova, M. Bagdonas, H. Ballard, Charles B. Kolenko, P. Malý, M.
DOI
https://doi.org/10.1107/S2059798323003595

Conformation-based refinement of 18-mer DNA structures

Rok vydání
2023
Vydání
Acta Crystallographica Section D: Structural Biology. 2023, 79(7), 655-665. ISSN 2059-7983.
Autoři
Svoboda, J. Berdar, D. Kolenko, P. Cerny, J.
DOI
https://doi.org/10.1107/S2059798323004679

Tetracycline-modifying enzyme SmTetX from Stenotrophomonas maltophilia

Rok vydání
2023
Vydání
Acta Crystallographica Section F STRUCTURAL BIOLOGY COMMUNICATIONS. 2023, 79(7), 180-192. ISSN 2053-230X.
Autoři
Malý, M. Kolenko, P. Stránský, J. Švecová, L. Dušková, J. Kovaľ, T. Skálová, T. Trundová, M. Adámková, K. Černý, J. Božíková, P. Dohnálek, J.
DOI
https://doi.org/10.1107/S2053230X23005381

Atomic resolution studies of S1 nuclease complexes reveal details of RNA interaction with the enzyme despite multiple lattice-translocation defects

Rok vydání
2022
Vydání
Acta Crystallographica Section D: Structural Biology. 2022, 78(10), 1194-1209. ISSN 2059-7983.
Autoři
Adamkova, K. Koval, T. Ostergaard, Lars H. Duskova, J. Malý, M. Kolenko, P.
DOI
https://doi.org/10.1107/S2059798322008397

Crystallographic fragment screening-based study of a novel FAD-dependent oxidoreductase from Chaetomium thermophillum

Rok vydání
2021
Vydání
Acta Crystallographica Section D: Structural Biology. 2021, 77(6), 755-775. ISSN 2059-7983.
Autoři
Švecová, L. Oestergaard, L.H. Skálová, T. Schnorr, K.M. Kovaľ, T. Kolenko, P. Stránský, J. Sedlák, D. Dušková, J. Trundová, M. Hašek, J. Dohnálek, J.
DOI
https://doi.org/10.1107/S2059798321003533

Crystallographic fragment screening-based study of a novel FAD-dependent oxidoreductase from Chaetomium thermophilum. Corrigendum

Rok vydání
2021
Vydání
Acta Crystallographica Section D: Structural Biology. 2021, 77 980-981. ISSN 2059-7983.
Autoři
Švecová, L. Oestergaard, L.H. Skálová, T. Schnorr, K.M. Kovaľ, T. Kolenko, P. Stránský, J. Sedlák, D. Dušková, J. Trundová, M. Hašek, J. Dohnálek, J.
DOI
https://doi.org/10.1107/S205979832100610

PAIREF: paired refinement also for Phenix users

Rok vydání
2021
Vydání
Acta Crystallographica Section F STRUCTURAL BIOLOGY COMMUNICATIONS. 2021, 77(7), 226-229. ISSN 2053-230X.
Autoři
Malý, M. Diederichs, K. Dohnálek, J. Kolenko, P.
DOI
https://doi.org/10.1107/S2053230X21006129

The tetrameric structure of the novel haloalkane dehalogenase DpaA from Paraglaciecola agarilytica NO2

Rok vydání
2021
Vydání
Acta Crystallographica Section D: Structural Biology. 2021, 77(3), 347-356. ISSN 2059-7983.
Autoři
Mazur, A. Prudnikova, T. Grinkevich, P. Mesters, J.S. Mrazova, D. Chaloupkova, R. Damborsky, J. Kuty, M. Kolenko, P. Smatanova, I.K.
DOI
https://doi.org/10.1107/S2059798321000486

SHELIXIR: Automation of experimental phasing procedures using SHELX C/D/E

Rok vydání
2021
Vydání
Journal of Applied Crystallography. 2021, 54(3), 996-1005. ISSN 1600-5767.
Autoři
Kolenko, P. Stránský, J. Kovaľ, T. Malý, M. Dohnálek, J.
DOI
https://doi.org/10.1107/S1600576721002454

Mammalian-like type II glutaminyl cyclases in Porphyromonas gingivalis and other oral pathogenic bacteria as targets for treatment of periodontitis

Rok vydání
2021
Vydání
Journal of Biological Chemistry. 2021, 296 ISSN 1083-351X.
Autoři
Taudte, N. Linnert, M. Rahfeld, J. Piechotta, A. Kolenko, P.
DOI
https://doi.org/10.1016/j.jbc.2021.100263

Structural basis of prostate-specific membrane antigen recognition by the A9g RNA aptamer

Rok vydání
2020
Vydání
Nucleic Acids Research. 2020, 19(48), 11130-11145. ISSN 0305-1048.
Autoři
Ptacek, J. Zhang, D. Qiu, L. Kruspe, S. Motlova, L. Kolenko, P. Novakova, Z. Shubham, S. Havlinova, B. Baranova, P. Chen, S.-J. Zou, X. Giangrande, P. Barinka, C.
DOI
https://doi.org/10.1093/nar/gkaa494

Disruption of the dimerization interface of the sensing domain in the dimeric heme-based oxygen sensor AfGcHK abolishes bacterial signal transduction

Rok vydání
2020
Vydání
Journal of Biological Chemistry. 2020, 295(6), 1587-1597. ISSN 1083-351X.
Autoři
Skalova, T. Lengalova, Al. Dohnalek, J. Harlos, K. Mihalcin, P. Kolenko, P. Stranava, M. Blaha, J. Shimizu, T. Martínková, M.
DOI
https://doi.org/10.1074/jbc.RA119.011574

Structural variability of CG-rich DNA 18-mers accommodating double T-T mismatches

Rok vydání
2020
Vydání
Acta Crystallographica Section D: Structural Biology. 2020, D76(12), 1233-1243. ISSN 2059-7983.
Autoři
Kolenko, P. Svoboda, J. Černý, J. Charnavets, T. Schneider, B.
DOI
https://doi.org/10.1107/S2059798320014151

Flexible regions govern promiscuous binding of IL-24 to receptors IL-20R1 and IL-22R1

Rok vydání
2019
Vydání
The FEBS Journal. 2019, 286(19), 3858-3873. ISSN 1742-464X.
Autoři
Zahradník, J. Kolářová, L. Peleg, Y. Kolenko, P. Svidenská, S. Charnavets, T. Unger, T. Sussman, J.L. Schneider, B.
DOI
https://doi.org/10.1111/febs.14945

baSHELiXir: A Bash Script for Automated Experimental Phasing Using Shelx C/D/E

Rok vydání
2019
Vydání
Chemické listy. 2019, 113(10), 610-614. ISSN 0009-2770.
Autoři
Kolenko, P.

Trp–His covalent adduct in bilirubin oxidase is crucial for effective bilirubin binding but has a minor role in electron transfer

Rok vydání
2019
Vydání
Scientific Reports. 2019, 2019(9), 13700(1)-13700(13). ISSN 2045-2322.
Autoři
Kovaľ, T. Švecová, L. Oestergaard, L.H. Skalova, T. Dušková, J. Hašek, J. Kolenko, P. Fejfarová, K. Stránský, J. Trundová, M. Dohnálek, J.
DOI
https://doi.org/10.1038/s41598-019-50105-3

The crystal structure of XdpB, the bacterial old yellow enzyme, in an FMN-free form

Rok vydání
2018
Vydání
PLoS ONE. 2018, 13(4), 1-18. ISSN 1932-6203.
Autoři
Zahradník, J. Kolenko, P. Palyzová, A. Černý, J. Kolářová, L. Kyslíková, E. Marešová, H. Grulich, M. Nunvar, J. Šulc, M. Kyslík, P. Schneider, B.

Coordination and redox state-dependent structural changes of the heme-based oxygen sensor AfGcHK associated with intraprotein signal transduction

Rok vydání
2017
Vydání
Journal of Biological Chemistry. 2017, 292(51), 20921-20935. ISSN 1083-351X.
Autoři
Stranava, M. Man, P. Skálová, T. Kolenko, P. Blaha, J. Fojtikova, V. Martínek, V. Dohnálek, J. Lengalova, A. Rosůlek, M. Shimizu, T. Martínková, M.
DOI
https://doi.org/10.1074/jbc.M117.817023

Phosphate binding in the active centre of tomato multifunctional nuclease TBN1 and analysis of superhelix formation by the enzyme

Rok vydání
2015
Vydání
Acta Crystallographica Section F STRUCTURAL BIOLOGY COMMUNICATIONS. 2015, 71(11), 1408-1415. ISSN 2053-230X.
Autoři
Stránský, J. Koval', T. Podzimek, T. Tycova, A. Kolenko, P.
DOI
https://doi.org/10.1107/S2053230X15018324

L-Fucose in crystal structures of IgG-Fc: Reinterpretation of experimental data

Rok vydání
2008
Vydání
Collection of Czechoslovak Chemical Communications. 2008, 73(5), 608-615. ISSN 0010-0765.
Autoři
Kolenko, P. Skálová, T. Dohnálek, J. Hašek, J.
DOI
https://doi.org/10.1135/cccc20080608